優勝候補は春準優勝・花巻東に帝京、PL学園。中京大中京、日大三、西条、天理が続く混戦。
1回戦。如水館-高知は2日連続で降雨ノーゲームに。3回途中2-0、5回途中6-5と2日とも如水館リードだった。3度目の対決は序盤から高知打線が如水館投手陣をとらえ快勝。
予選でセンバツ覇者・清峰を下した長崎日大とセンバツ準優勝・花巻東の対決。長崎日大は豪腕・菊池から3本塁打やスクイズでリードを奪う。花巻東は8回、無死満塁から佐々木大が走者一掃の二塁打。更にスクイズで一挙4点を挙げ逆転、辛勝した。
熊本工-三重。延長10回、三重はショート土井の美技でピンチを防ぎ、その裏、土井の左前打でサヨナラに。
2回戦、立正大淞南-華陵は投手戦。9回、1死二塁で華陵・末冨の好打をレフト後藤が好捕。その裏、立正大淞南は後藤が左翼席本塁打を放ちサヨナラ。
関西学院-中京大中京はシーソーゲーム。同点の9回、中京大中京は河合が劇的なサヨナラ本塁打を放ち決着。
3回戦、帝京-九州国際大付。終盤までもつれた好試合となるが帝京がサヨナラ勝利。
花巻東-東北。前2戦で4本塁打を浴びた菊池は、この試合は9回に154キロを記録する等圧巻の投球で快勝。
有力校の多くがベスト8を前に敗退し大会は混迷。
準々決勝、明豊-花巻東。花巻東は頼みの菊池が背中を痛め5回途中で降板、救援の猿川は3点のリードを守れず。2点を追う9回、連打等で好機を作り、横倉の安打で同点。10回には川村のタイムリーで勝ち越し、明豊を振り切った。
準決勝、日本文理はエース伊藤の好投で競り勝ち、新潟勢初の決勝進出。
中京大中京は花巻東の3投手に4本塁打を浴びせ圧勝。
決勝は日本文理-中京大中京。共に本塁打を放つ等、2-2で迎えた6回、中京大中京は2死満塁で堂林が左前打を放ち勝ち越し。更に柴田の二塁打等で一挙6点。6点を追う日本文理は9回、2死無走者から四球の後、高橋隼の二塁打、武石の三塁打で2点。更に死四球と2安打で1点差まで迫るが若林がサードライナーに倒れ試合終了。中京大中京が43年ぶり最多7回目の優勝を飾った。