優勝候補は神宮大会上位の光星学院、愛工大名電に智弁学園や好投手を擁する大阪桐蔭、花巻東。被災地・東北から4校が選ばれ、選手宣誓は石巻工が引き当てた。
1回戦、大阪桐蔭-花巻東は藤浪・大谷と大会屈指の好投手の対決は中盤以降に大阪桐蔭が突き放し快勝。藤浪は12奪三振、大谷は11奪三振ながら11四死球。
3日目、高崎-近江が3回裏途中0-0の場面で雨天中止、再試合となった。
三重-浦和学院は三浦・佐藤の投手戦。三重・三浦は2安打に抑えたが、四死球の満塁でタイムリーを浴び失点。佐藤は3安打無四球に抑えた。
2回戦、鳴門-作新学院は延長戦。10回に作新学院は高山の本塁打で勝ち越すとその裏、鳴門は2死満塁から日下が左越2塁打を放ち逆転サヨナラ。
3回戦、浦和学院-大阪桐蔭。6回から登板した両エースから双方1点ずつ取り、2-1の9回、大阪桐蔭は1死一塁で安井が左中間二塁打を放ち同点、白水の中前打で逆転しそのまま逃げ切った。
健大高崎は15安打に足を絡め鳴門に快勝し初の4強進出。
優勝候補対決の光星学院-愛工大名電。2回以降、愛工大名電・浜田に無安打に抑えられていた光星学院が7回に同点とすると流れは光星学院へ。8回、光星学院は2死二三塁から前進守備の中越ランニング本塁打で3点を入れ愛工大名電を突き放した。
横浜-関東一は接戦。同点の9回、関東一が伊藤大の三塁打で2点を入れ勝負を決めた。
準決勝、大阪桐蔭-健大高崎。健大高崎が8回に竹内の本塁打で同点とすると、その裏、大阪桐蔭は森と笠松が本塁打を放ち突き放した。
光星学院-関東一は光星学院が快勝し前年夏に続いて決勝進出。
決勝は大阪桐蔭-光星学院。光星学院が初回に無死一二塁、2回に満塁の好機を逃したのに対し、大阪桐蔭は初回に小池の2ランで先制し、その後も着実に加点。エース藤浪が12安打を許しながら要所を締めセンバツ初優勝を飾った。